Свою історію Малинська ЗОШ № 5 І-ІІІ ступенів розпочала з 1946 року, як залізнична школа № 40, яка була підпорядкована Міністерству шляхів Південно-Західної залізниці. У 1960 році школа перейшла до відомства Міністерства народної освіти , у 1967 році була реорганізована у восьмирічну, а з 1 вересня 1998 року заклад освіти отримав статус середньої. Починаючи з 2004 року Малинська ЗОШ № 5 І-ІІІ ступенів є закладом з поглибленим вивченням української мови у 8-9 класах та суспільно-гуманітарним напрямом (історичним профілем) у 10-11 класах .
На підставі Р І Ш Е Н Н Я МАЛИНСЬКОЇ МІСЬКОЇ РАДИ (двадцять сьомої сесії восьмого скликання) від 08 липня 2022 року № 674 Малинська загальноосвітня школа № 5 І-ІІІ ступенів перейменована у Малинський ліцей № 5
Малинської міської ради.